镇东和抚东
鲁钦道：”白杆兵善战倒是不错，不过总比不过近卫军吧。“
朱由校笑道：”近卫军火力强，但在西南地方，如果敌人躲起来和你们玩捉迷藏，只怕还是要靠白杆兵。上次我们能够迅速平定奢安之乱，是因为他们小看了我们，采用的是硬碰硬的方法。如果他们开展游击战术，我们可能很难在那么短的时间里取得胜利。“
鲁钦想了想道：“陛下所言极是，叛军如果真的钻进树林中，那么我们要和他们磨更长时间。只是秦家的将领当然不可能是忠贞伯，如果是秦翼明或者是秦拱明倒是没有什么问题，这两人臣与他们打过交道，都是实在人。但是如果是马祥麟都指挥使，臣不大熟悉，担心不能让他与近卫军配合。”
朱由校道：“朕已经封了马祥麟为骠骑将军，其人能文能武，且为人和善，你不要担心和他相处之事。忠贞伯是有大智慧之人，自然会安排妥当的。”
鲁钦见皇帝胸有成竹的样子，心里稍微放心了些。而杨光皋则是根本没有担心过广西狼兵的问题，因为他家里本来就有十来个家人，原来便是广西狼兵，在十年前做为客军来京师时，因慕王化，被先帝赐给了长公主府，他正好将他们带上，一来慰他们的思乡之情，二来可以帮他收狼兵之心。
至于满桂，皇帝已经帮他想了办法，西北主要打交道的是蒙古人，皇帝已经封海兰珠为明珠长公主，并让她随满桂前往西北，虽然海兰珠是科尔沁人，科尔沁人的地盘在兴安岭附近，但大家都是蒙古人，多多少少有些香火情，蒙古人对满桂这个蒙古女婿总会另眼相待。
第二个便是原来卫所的裁撤问题。北方军区与西北军区的卫所已经在魏忠贤和孙传庭联手操作之下裁撤了大半，但西南和南方军区的卫所几乎没有动过，这便是朱由校也没有办法，只能从东厂和绵衣卫中抽调人手，加入到这两个军区中，一起来进行裁撤和重建工作。
第一个动身的是曹文诏，他带领一个近卫军旅搭乘北海舰队的船只从海路到达奴尔干城。而同时研究院地理科的学生则乘船从辽河而上，他们将要考察辽河与松花江的水域情况，要找到一种更好的运输方法，使得内地与奴尔干城不必通过北海就能连通。
周同金对于明军的来到非常高兴。随行的太监宣读圣旨，皇帝正式策封周同金为奴尔干都指挥使，荫其长子为锦衣卫百户，许其入京城就学（这是周同金自己坚持的）。奴尔干都司府可以组建一万人以下的部队，负责奴尔干都司的防卫安全。
皇帝下旨在奴尔干都司实行十税一的税率，其中所收取赋税一半由奴尔干都司府支配，一半由东方军区运送到京城。
这样的税率在大明内地算是高的了，不过在周同金的六千精骑的威慑下，收税工作倒是很顺利。至于东方军区运送到京城的赋税，则由皇帝直接拔给东方军区以作军资，当然，这是不够的，但总算是聊胜于无吧。
曹文诏的东方军区将军府则暂时设立于奴尔干城，并且准备将原有的卫所一一恢复。他带来的兵力太少，野战军还要等一段时间才会来到，所以周同金自告奋勇地将自己手下的达斡尔军队借给他。
宣德九年之前大明在奴尔干的统治并不是直接统治，仅是在重要地点设军事据点及发展交通路线，实质上仍由各族自行统治，而除少数官员之外，大多数官军人员由当地民族人民担任。这次朱由校也是打的这个主意，所以曹文诏一番封官许愿之后，各地的各族卫所一个个地被恢复了。而在每个卫所中，曹文诏只是放了一个旗起着监督作用而已。
在明军拿出精美的银币和美丽的丝绸后，各族头人迅速地为明军提供了大量的劳动力。在明军随行的工匠的指挥下，曹文诏在距黑龙江出海口一百多里的东岸建立了一座新城：镇东城。这座城与奴尔干城遥相呼应，将会是东方军区的驻所。
同时在原来的屯河卫，也建立起了一座新的抚东城，抚东城离镇东城约八百里，正好位于各卫所的中心。这里将会是东方军区野战军的驻所。
五个月后，由张宗灵带领的东方军区野战军抵达了抚东城。他们不是从黑龙江口逆流而上的，而是按照地理科学生的指导，先由辽河逆流而上，然后走过大约一百里不到的陆路，再在混同江（松花江）上船顺流而入黑龙江，再到达抚东城，这大大缩短了从内地到达奴尔干城的距离，不论是对东方军区的粮饷供应还是内地与奴尔干城的商业来往，都是有非常重要的意义的。
果然，这条道路的开通，很快就被魏忠贤利用了起来，几条商船载着肥皂，蜡烛，铁锅，香烟，烈酒，棉布，羊毛织成的厚袍子，厚毯子来到了黑龙江流域。
魏忠贤命令在镇东城，抚东城，奴尔干城设立了三个大的农业合作社，物品标价都是内地的三倍，但所有的物品，包括在内地几乎没有人会买的羊毛制品，在这里一上架便被一扫而空。三个大掌柜又是高兴又是焦急，连忙派人传信要求派更多的船，运更多的货来。而且还要派更多的人，因为这里的皮制品便宜得无法想象，转手到京城，至少是十倍以上的利。
魏忠贤接到奴尔干的要求后，急忙去找皇帝商量。朱由校道：“什么，你想造一条运河连通辽河和混同江？这个有些难吧？”
魏忠贤道：“圣上，只有用水运才能最大幅度地减少成本，如果水运不成，那就可以在这两地之间修一条铁路，不然用马车运输，太过费钱了。”
朱由校沉吟半晌道：“京山铁路刚刚试运两个月，按照他们送来的利润率来算的话，需要十年才能收回成本，铁路确实比水运成本大，但朕也不知道能不能修成运河，这个要问研究院的学生才行。”